Qué hacer y por qué
La File API permite a una web leer archivos que el usuario selecciona mediante controles. Seleccionar un archivo no implica por sí mismo que se haya enviado a un servidor.
El campo MIME del archivo es orientativo y puede ser incorrecto. Por eso un visor debe manejar los formatos no compatibles sin ejecutarlos como código.
Para verificar integridad puedes comparar un SHA-256 calculado sobre la copia descargada con la huella esperada desde una fuente confiable. Las herramientas locales requieren un navegador confiable.